Наказом Генерального прокурора України 04.09.2015 у складі Головної військової прокуратури утворено Управління з розслідування злочинів проти основ національної безпеки України, миру, безпеки людства та міжнародного правопорядку зі штатною кількістю 34 прокурорсько-слідчих працівники.
Основним завданням цього структурного підрозділу є збір, систематизація та аналіз доказів причетності представників влади і службових осіб як органів влади, так і Збройних Сил Російської Федерації до розв’язання та ведення агресивної війни проти України, а також розслідування вчинених нею воєнних злочинів, із визначенням розміру заподіяної шкоди, для подальшої передачі зібраних матеріалів до Міжнародного кримінального суду.
Так, з часу утворення управлінням здійснювалось досудове розслідування у понад 100 кримінальних провадженнях, обсяг об’єднаних матеріалів у яких становить понад 400 томів.
Встановлена кількість потерпілих становить 9354 осіб, з них 2055 загиблих та 7299 поранених військовослужбовців сил АТО. Слідчими військової прокуратури за цей час допитано понад 4500 свідків та потерпілих, проведено понад 1700 судових експертиз.
За результатами розслідування цих злочинів проти міжнародного правопорядку і безпеки людства до суду направлено 27 обвинувальних актів, у тому числі 7 – стосовно 8 громадян РФ, троє з яких є діючими військовослужбовцями Збройних Сил Російської Федерації. Окрім того, повідомлено про підозру 19 громадянам Російської Федерації, 14 з них – військовослужбовці Збройних Сил РФ, які перебували і допитані на території України.
Оголошено у розшук 11 військовослужбовців ЗС РФ, судом надано дозвіл на їх затримання та доставку до суду для розгляду клопотання про застосування запобіжного заходу у вигляді тримання під вартою, серед них – начальник Генерального Штабу ЗС РФ генерал армії В. Герасимов та інші військові посадові особи ЗС РФ.
16.03.2016 за процесуального керівництва військовою прокуратурою Чернігівського гарнізону Центрального регіону України спільно з працівниками слідчого управління Головного управління Національної поліції в Чернігівській області та оперативними співробітниками Управління захисту економіки в Чернігівській області на гарячому затримано головного державного виконавця центрального відділу Державної виконавчої служби Чернігівського міського управління юстиції після одержання 3,800 гривень у якості неправомірної вигоди.